زیتون- علی مطهری، نایب رییس مجلس دهم، در یادداشتی نوشت که برای «اصلاح نظام» نیاز است خطاها «به صورت آشکار» بیان شود و مواردی که «با اقدام پنهان اصلاح می‌شود… بسیار اندک است.» 
مطهری این یادداشت را – که در ایلنا منتشر شد – در پاسخ به سخنان ابوالفضل حسن‌بیگی، نماینده مجلس، نوشت. حسن بیگی ضمن انتقاد از مواضع مطهری درباره فایل صوتی جلسه‌ای درباره اعدام‌های سال ۶۷ که سایت آیت‌الله منتظری منتشر کرد، گفته بود که او اگر «نسبت به چند پرونده اعتراض دارد باید اعتراض خود را به صورت محرمانه به قوه قضاییه ارائه دهد.»
نماینده دامغان اضافه کرده بود که مطهری فردی «غیرمنطقی» است و از او انتشار می‌رود مانند پدرش «قدم بردارد، نه اینکه از نام مطهری سواستفاده و چنین غائله‌ای برپا کند.»
علی مطهری در پاسخ به حسن‌بیگی نوشت با «این تیپ افرادی» که به وی توصیه می‌کنند مانند «پدرش رفتار کنند»، مشکل دارد و اضافه کرد که آن‌ها «تصور نادرستی» از مرتضی مطهری دارند.
مطهری پس از انتشار فاصل صوتی جلسه آیت‌الله منتظری با هیات منصوب آیت‌الله خمینی که سال ۶۷ حکم اعدام صدها زندانی سیاسی را صادر کردند، از مصطفی پورمحمدی، وزیر دادگستری دولت روحانی، خواسته بود این موضوع روشنگری کند.
موضع‌گیری مطهری با واکنش برخی نمایندگان مجلس روبه‌رو شد. برخی از این نمایندگان خواستار برکناری وی از جایگاه نایب رییسی مجلس شدند.