ساختار و مبانی نظری حکومت جمهوری اسلامی  ایران ، کاملا منحصر به فرد بوده و متمایز با سایر اشکال شناخته شده حکومت داری در سراسر جهان است؛ ساختاری که سعی شده دربرگیرنده مبانی نظری فقه شیعه باشد و خود را به عنوان تبلور اندیشه اسلامی شیعی معرفی کند. اما از سوی دیگر با توجه به ملاحظات و شرایط سیاسی جهان معاصر، مجبور به استفاده از مفاهیم جمهوریت و دمکراسی و ترکیب آن با ساختار ایده‌آل مورد نظر خود شده است .

به عبارتی دیگر، جمهوری اسلامی، شکل اجرایی کنونی حکومت اسلامی و نه شکل ایده آل آن  است و در هر زمان که ممکن شود این شکل اجرایی تغییر کرده  و به شکل مورد نظر حاکمیت نزدیکتر خواهد شد؛ همانطور که این روند از ابتدای پیروزی انقلاب تاکنون ادامه داشته است.

در هر صورت این تفکر موجب شکل گیری نظامی ویژه با تناقضات غیرقابل انکار نظری شده  که در عمل هم نمود این ناسازگاری‌ها به وضوح قابل مشاهده است. یک نظام دمکراتیک و با ساختار سیاسی جمهوری ، دارای خصوصیات و تعاریف مشخصی‌ست که در جمهوری اسلامی فاقد موضوعیت هستند از جمله آزادی بیان ، حقوق اقلیت‌ها و یا مراجعه به آرای ملت در تصمیم‌گیریهای کلان .

بر خلاف نظام‌های مدرن که مشروعیت خود را برگرفته از مردم می دانند بر اساس نظریه‌ی  سیاسی-مذهبی حاکم در ایران ، منبع مشروعیت سیاسی حکومت ، قانون الهی و اراده خداوند است. خداوند حق حاکمیت دارد و او حق هرگونه تصرف را به پیامبر داده و این حق از پیامبر به امامان و در زمان غیبت نیز از امام زمان به مرجع جامع الشرایط واگذار شده است. به عبارتی می‌توان گفت بر این اساس فرد حاکم در نظام جمهوری اسلامی ، از طرف خداوند برگزیده شده است. این فرد با عنوان ولی‌فقیه نه تنها قدرت مطلق را به صورت مادام العمر در اختیار دارد بلکه با توجه به انتصاب از طرف خداوند امکان هیچ‌گونه عملکرد اشتباهی از سوی او سلب و تمامی فرامین و دستورات او جنبه الهی داشته و باید اجرا شوند و طبیعتا در این حالت نظارت نیز امری فرمالیته و غیرضروری می‌نماید.

در دیدگاه آیت‌الله خمینی قوانین بشری نمی توانند اهداف جوامع انسانی را تامین کنند. او حکومت را پدیده ای الهی دانسته که با به کار بستن آن سعادت بشر در دنیا و آخرت به بالاترین وجه ممکن تامین می‌شود. در مقابل قوانین الهی، هیچ انتخابی غیر از اطاعت وجود ندارد. او خطاب به اعضای شورای نگهبان می گوید «اگر همه مردم حرفی می زنند که مخالف قران و اسلام بود باید مقابل آن ایستاد» و یا در جای دیگری تاکید می‌کند «میزان رای ملت است تا زمانی که از قوانین الهی خارج نشوند و با مبانی شرع مخالفت نداشته باشد». یعنی نقش مردم در این نظام تعیین کننده قوانین و سیاست های جاری در جامعه نیستند بلکه به عنوان پشتیبان و پشت سر حاکمان الهی جامعه ، باید برای برقراری جامعه اسلامی تلاش نمایند. مردم حق داشته اند که نظام را انتخاب کنند و پس از آن باید تابع قانون اسلام باشند.

بر اساس این نظریه ، انتخاب مردم در فعالیت بخشیدن به این نظام موثر است اما در مشروعیت بخشیدن به آن تاثیرندارد، چون این مشروعیت نه از طرف مردم بلکه از طرف خداوند اعطا شده است. در نتیجه اینکه حفظ اسلام و اجرای قوانین اسلامی و همچنین امکان گسترش آن در گرو حفظ تنها حکومت راستین اسلامی ‌ست. از سوی دیگر تنها راه اثبات کارآمدی تفکر اسلامی-شیعی ادامه حیات این حکومت است.

تبلور جمهوریت در این نظام در مقام ریاست جمهوری ، مجلس شورای اسلامی ، مجلس خبرگان و شوراهای اسلامی شهر و روستا دیده شده است. هر چند به دلیل نظارت استصوابی و حذف تمامی صداهای مخالف وجاهت این نهادها به مقدار زیادی از دست رفته، با این حال برای حفظ جنبه اسلامی حکومت ، علاوه بر کنترل عملکرد و خروجی نهادهای فوق ، بنیادهای دیگری در هرم قدرت در ایران قرار داده شده اند که قدرت و اعتبار آنها به مراتب بیشتر است. اعضای این بنیادها و شوراها همگی توسط رهبر ایران منصوب می شوند. علاوه بر این مهمترین مقامات کشوری و نظامی مستقیما توسط رهبر ایران انتخاب می‌شوند.

نتیجه‌ی این انتخابات ناقص و انتصابات موثر، این است که ویژگی‌های جمهوریت نظام در سطح کاملا نازلتری از ویژگیهای اسلامی آن قرار دارند و عملا جمهوریت بسان پوسته ای نازک می نماید که برای نمای بیرونی و به صورت اجبار مورد استفاده قرار گرفته است.

این تناقض ساختاری باعث ایجاد حاکمیت نامتوازن و چندپاره شده است. تعدد مراکز قدرت به خصوص در نهادها و بنیادهای زیرنظر رهبری باعث پیچیده شدن مناسبات قدرت در ایران شده است . قوانین یکسان نبوده و همه خود را ملزم به اجرای تمام و یا حداقل بخشی از آنها نمی دانند. در بسیاری موارد قوانینی به نفع یک قشر خاص و با اعمال نفوذ ایشان تصویب و به اجرا گذاشته شده است.

ناکارآمدی ادارای و مدیریتی و فساد سیستماتیک نمودی از مشکلات موجود در مدل حکومتی جمهوری اسلامی اجرا شده در ایران است که امروز پس از ۴۰ سال از اجرای آن بیش از هر زمانی احساس و رویت می شود.

اکنون این ضعف ها به صورتی درآمده که در سطح اول قدرت نیز احساس خطر برای تداوم حاکمیت ایجاد شده  و به همین دلیل شعار مبارزه با فساد و اخبار مرتبط با آن به صورت روزمره در تریبون های حکومتی پخش می‌شود. اما عاملین اصلی فساد در تمامی موارد منابع اصلی قدرت در ایران‌اند  و طبیعتا این باعث می‌شود تا مبارزه با فساد در حد شعار و فقط به صورت ظاهری انجام شود.

ناکارآمدی سیستم مدیریتی نیز در اقتصاد و بحران منابع آبی به خوبی خود را نشان داده است. اصلاح در این سیستم همانطور که در سالهای گذشته دیده شده است به دلیل ساختار اشاره شده در قدرت ، به هیچ نتیجه ای نخواهد رسید و تنها تغییرات گسترده در مدل حکومتی و واگذاری قدرت اصلی به مردم ، راه برون رفت از وضعیت موجود خواهد بود. اما در مقابل ، طیف اصلی قدرت در ایران یا به اصطلاح اصولگرایان ، مشکلات موجود را در عدم همراهی و همکاری دولت و سایر نهادهای مدنی با ایشان دیده و در پی حذف کامل تمامی صداهای غیرهمراه‌اند. در این وضعیت باید دید نظر احتمالی  رهبر جمهوری اسلامی از تغییر ساختار ، میل به تقویت کدام بخش جمهوری یا اسلامی دارد.