در حکم و فتوای آیت‌الله خمینی برای اعدام زندانیان در تابستان سال ۱۳۶۷، نه تنها در تعریف جرم جدید برای این زندانیان و در انتساب عنوان مجرمانه «محارب» به آن‌ها، بلکه در تعیین مجازات مقرره «اعدام» برای ایشان نیز مبانی مسلم فقهی و شرعی، حتا مبانی فقهی خود آقای خمینی نیز رعایت نشد.

در شیوه دادرسی مقرره در این فرمان برای چگونگی دادرسی و اجرای حکم، مبانی دادرسی شرعی زیرپا گذاشته شد و قواعدی مثل «احتیاط در دماء» و «خودداری از اجرای حدود در هنگام شبهات»، کاملا نادیده گرفته شد. حکم و فتوایی که برای توجیه این کشتار به کار گرفته شد خود ناقض بدیهی‌ترین مقررات شرعی بوده و فاقد مبنا و مشروعیت فقهی بوده است.